Początek budowy budynku dzisiejszego Liceum Ogólnokształcącego im. Komisji Edukacji Narodowej w Przasnyszu miał miejsce w 1919 roku. Jego inicjatorami byli architekt Franciszek Grzeszczyk i ówczesny Burmistrz Bronisław Matuszewski. W roku 1923 ukończono budowę, a w następnym 10 maja odbyło się uroczyste otwarcie szkoły, wtedy jeszcze Gimnazjum. Na  uroczystość przybył sam prezydent Rzeczpospolitej Polskiej Stanisław Wojciechowski. Pierwszym dyrektorem Gimnazjum został Ks. Franciszek Bronisław Zalewski. Od początku istnienia szkoły liczba uczniów stale rosła, pod koniec okresu międzywojennego liczba ta szacowana była na około 250 osób. W roku 1934 weszła w życie reforma systemu kształcenia w Polsce. Przasnyskie Gimnazjum zostało przekształcone na 4-letnie Gimnazjum z tzw. „małą maturą” i uzupełniające 2-letnie Liceum z tzw. „dużą maturą”. W roku 1939 rozpoczęła się II wojna światowa, budynek przasnyskiej szkoły został zamieniony na kwatery wojskowe. Nauczyciele i uczniowie gimnazjum i liceum magistratu Miasta Przasnysz brali czyny udział w wojnie wspierając Państwo Polskie. W okresie okupacji działali w konspiracji i organizowali tajne nauczanie. Po wojnie wznowiono nauczanie w szkole. Dyrektorem został Bazyli Ogłoblin, a nowy rok szkolny rozpoczął się 19 lutego 1945r. Do szkoły uczęszczało wtedy już około 300 uczniów. Rok później szkoła została upaństwowiona, przekształcona na Państwowe Liceum Pedagogiczne i Państwowe Gimnazjum. W roku 1948 wprowadzono kolejną reformę, w której z Gimnazjum i Liceum utworzono 4-letnie Liceum, które bazowało na 7-letniej szkole podstawowej. W latach 1949-1961 liczba uczniów w Szkole Ogólnokształcącej stopnia licealnego w Przasnyszu stopniowa malała ( rok 1949/50-480 osób, rok 1959/60-339 osób). Do powodów zalicza się preferowanie przez administrację oświatową kształcenia w zakresie zawodowym i technicznym oraz wysoki wymagania rekrutacji. Ważnym wydarzeniem w historii szkoły był I Zjazd Absolwentów i Wychowanków w 35-lecie istnienia szkoły w dniach 27-28 czerwca. Szkoła otrzymała sztandar. Po roku 1960 wzrósł poziom nauczania w przasnyskim Liceum. Uczniowie szkoły wyróżniali się swoją wiedzą na rozmaitych konkursach i olimpiadach. W roku 1966 odbyły się obchody 1000-letnigo istnienia Państwa Polskiego, podczas których szkoła została uhonorowana „Odznaką Tysiąclecia Państwa Polskiego”. Kolejnym bardzo ważnym wydarzenie w życiu szkoły było nadanie jej imienia. W dwusetną rocznicę powołania Komisji Edukacji Narodowej Rada Pedagogiczna postanowiła uświęcić ten fakt nadaniem szkole imienia tej instytucji państwowej. Ceremonia ta odbyła się w dniu 24 lutego 1973r. W tym samym roku miał również miejsce II Zjazd Absolwentów w 50 rocznicę istnienia szkoły (23-24 czerwca 1973r.). W latach 80-ych do przasnyskiego Liceum uczęszczało łącznie około 5500 osób. W poszczególnych klasach było od 20 do 40 uczniów. Największa liczba absolwentów w szkole była 1980 roku-184 osoby. Najważniejszym wydarzeniem tych lat były obchody 60-lecia istnienia szkoły. Uroczystość miała miejsce w 1983 roku. W tym dniu szkoła otrzymała medal Komisji Edukacji Narodowej, zostały zaprezentowane historia i dotychczasowy dorobek liceum. Lata 90-te był to okres w życiu szkoły, w którym uczniowie zdobywali liczne nagrody w różnych dziedzinach nauki. W roku 2003 11-12 października odbyła się uroczystość i zjazd absolwentów z okazji 80-lecia istnienia szkoły. W latach 2002-2004 wybudowano i oddano do użytku salę gimnastyczną. Liceum Ogólnokształcące im. Komisji Edukacji Narodowej w Przasnyszu ma jedne z najlepszych wyników nauczania w Polsce. Zdawalność jest na bardzo wysokim poziomie.